В 2009 запатентовали ПО
ПО - произведение, объект авторских прав. Не патентуется. Программы приравнены к литературным произведениям.
Права возникают у автора. кому-то еще могут только перейти.
разработанное во время исполнения служебных обязанностей
откуда вы взяли про служебные обязанности?
вы не имели права использовать свой код в разрабатываемом служебном ПО.
Что бы ПО было служебным - должно быть задание, при том не выходящее за пределы трудовых (должностных) обязанностей.
Я работал инженером, не программистом. Задания писать ПО мне никто не давал.
А раз уж использовали - считайте, что права на него вы подарили фирме.
Почему то закон считает, что переход прав может быть только по договору. Или я чего-то не знаю?