Вы будете обязаны не только подоходник удержать, но и начислить и уплатить всю социалку и пенсионку, если только физик не докажет Вам что он не физик, а юрик или ИП, в противном случае весь риск - Ваш. Если у Вас это разовый случай, то от греха попросите физика стать ИП и платите ему как хотите (остальное его проблемы).
P.S.
Все обязательные отчисления - прерогатива налоговой и уэба. Легко проведут комплексную выездную, если понадобится.
В том и сложность - случай не разовый, а заставить хозяина сайта стать ИП не всегда возможно - слишком много заморочек.