1) Компания 1 и Компания 2 расторгают договор по взаимному соглашению. Означает ли это, что переданные ранее права переходят вновь к Компании 1 ?Нет, не означает. Отношения не носят длящийся характер: договор о передаче исключительных прав по действующему законодательству фактически соответствует договору об отчуждении исключительных прав по 4й части ГК. Т.е. обязательства по договору прекращаются их исполнением (ст.408 ГК), после чего весь юридический смысл договора уже сводится к тому, что он является документом, подтверждающим наличие у Компании 2 исключительных прав на программу для ЭВМ, не более того.
2й вариант крайне сомнителен: замена договора об отчуждении искл. прав лицензионным договором – это уже не внесение изменений в договор, а заключение нового договора.
Изменение срока и вознаграждения – возможно, но тут, наверное, возникнут проблемы с налогообложением и бухучетом, ведь часть вознаграждения нужно будет вернуть. Как это все оформлять и проводить – черт его знает.
Есть еще и третий вариант – Компания 2 заключает с Компанией 1 договор о передаче Компании 1 прав, полученных Компанией 2 по первому договору. Но если это будет безвозмездный лицензионный договор – тут мы нарываемся на запрет дарения между коммерческими организациями... Хотя тут можно, в принципе, и возмездный договор заключить – почему бы и нет?
А после того, как все исключительные права вернулись к Компании 1 – она уже заключит договор с Компанией 3 по всем правилами со всеми положенными примочками.